【目的】从大蕉枯萎病菌2个不同分化类群特有的基因序列入手，建立大蕉枯萎病菌分子快速检测技术，为防止病害的传播蔓延、尽早采取防治对策、指导香蕉生产提供理论依据。【方法】基于大蕉枯萎病菌特有的rDNA基因间隔区IGS序列设计得到多对PCR引物，分别以本研究室前期发表的来自广东的8个大蕉枯萎病菌株和3个粉蕉枯萎病菌株、2个分别来自广西和海南的粉蕉枯萎病菌株、5个其它专化型的尖镰孢菌株和5个外围菌株的基因组DNA为模板进行PCR 扩增，筛选大蕉枯萎病菌特异性引物，进行引物的特异性检测及灵敏度检测，并对接种土壤中的大蕉枯萎病菌进行检测。【结果】筛选到了2对可用于大蕉枯萎病菌DNA 检测的特异性引物，可直接应用于大蕉种植土壤和植株中的大蕉枯萎病菌的检测。当产物呈现755bp的扩增条带时，即表明样本中含有大蕉枯萎病病原菌；当产物呈现590bp的扩增条带时，即表明样本中含有粉蕉或大蕉枯萎病病原菌。检测分离到的大蕉枯萎病菌菌丝的灵敏度可达0.4μg，检测带菌土壤的灵敏度可达每克土壤40个病原菌的孢子浓度。【结论】所建立的二重PCR 检测技术实现在一次PCR 反应同时检测并区分大蕉枯萎病菌两个类群及广东地区的粉蕉枯萎病菌优势菌群，可用于无病大蕉及粉蕉种苗及种植土壤的检测与筛选。