【目的】本研究旨在探究不同饲养方式对南江黄羊肠道菌群结构和血清免疫指标的影响。【方法】试验选取3月龄、体重相近、健康状况良好的南江黄羊32只，随机分为两组，每组16只，分别进行全舍饲饲养（SSGF）和自然放牧饲养（FMGF），预饲期7d，正饲期60d。【结果】FMGF组血清中IgM含量显著高于SSGF组（P < 0.05），TNF-α含量显著低于SSGF组（P < 0.05）。FMGF组的Chao1指数显著低于SSGF组（P < 0.05）。在门水平上两组的优势菌门均是厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidota）。Patescibacteria门和浮酶菌门（Planctomycetota）在FMGF组丰度极显著高于SSGF组（P < 0.01）。弯曲菌门（Campylobacterota）和梭杆菌门（Fusobacteriota）在FMGF组丰度显著低于SSGF组（P < 0.05）。在属水平上两组优势菌属分别是理研菌科_RC9_菌群（Rikenellaceae_RC9_gut_group）和克里斯滕森菌科_R-7_菌群（Christensenellaceae_R-7_group）。丁酸弧菌属（Butyrivibrio）、厌氧支原体属（Anaeroplasma）等菌群在FMGF组细菌丰度极显著高于SSGF组（P < 0.01）。IgM在血清中的浓度和乳杆菌属（Lactiplantibacillus）在肠道中的丰度之间存在极显著负相关性（P < 0.01），和奈瑟菌属（Neisseria）、拟杆菌属（Bacteroides）在肠道中的丰度之间存在显著负相关性（P < 0.05）。血清免疫因子TNF-α在血清中的浓度和单杆菌属（Solobacterium）、1088-a5_gut_group在肠道中的丰度之间存在极显著负相关性（P < 0.01）。【结论】不同饲养方式对南江黄羊肠道菌群Chao1指数有显著影响。与放牧相比，舍饲组血清中TNF-α浓度显著升高、IgM含量显著降低，肠道中致病菌群弯曲菌门和梭杆菌门丰度显著升高。部分肠道菌群丰度和血清免疫指标的变化有显著相关性。