【目的】为保护我国喀斯特地区鱼类多样性，制定相应鱼类保护管理措施，现亟需摸清喀斯特高原鱼类群落现状。【方法】以红枫湖、阿哈湖为代表，利用eDNA宏条形码技术监测喀斯特高原鱼类群落结构并分析其鱼类多样性与环境因子相关性。【结果】在红枫湖鉴定出鱼类32种，隶属于5目，11科，27属，其中鲤形目鱼类18种，红枫湖南湖、北湖鱼类群落结构差异不显著。在阿哈湖鉴定出鱼类33种，隶属于6目，12科，28属，其中鲤形目鱼类18种。均监测到以日鲈目鱼类为主的多种养殖鱼类eDNA信号。DO(P=0.034)是引起红枫湖各样点鱼类群落结构差异的主要环境因子；TDS(P=0.005)是引起阿哈湖各样点鱼类群落结构差异的主要环境因子。【结论】eDNA宏条形码技术在喀斯特高原水域有较好适应性，利用该技术可快速得到喀斯特高原人工湖泊鱼类群落结构和空间分布；红枫湖、阿哈湖均存在经济养殖鱼类生态入侵，部分鱼类生存受到威胁；不同湖泊理化因子异质性强，研究环境因子与湖泊鱼类群落之间关系时应对每个湖泊单独评估。