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谷子TCP转录因子家族成员鉴定与生物信息学分析
作者: 白永宏  陈国梁  
单位:
关键词: 谷子(Setaria italic)  TCP  转录因子  生物信息学  组织表达  
分类号:
摘要:

【目的】TCP蛋白是一类植物特有的转录因子,在植物发育、激素信号途径和生物胁迫方面起着至关重要的作用,但是目前关于谷子TCP转录因子的研究鲜少报道。为明确谷子TCP基因家族成员、系统发育以及生物学功能。【方法】通过构建隐马尔可夫模型,在谷子全基因组数据库中扫描含有TCP结构域的TCP基因家族成员,并进一步对染色体定位、系统进化、基因结构、保守基序、启动子区域顺式作用元件和组织表达模式进行分析。【结果】从谷子全基因组数据库中共鉴定到23个TCP成员;以不均匀方式分布在9条染色体上,在第3号染色体上发现串联成簇现象;系统进化树分为Group Ⅰ、Group Ⅱ和Group Ⅲ三个亚族;亲缘关系较近的基因具有相似的结构和保守基序,谷子TCP蛋白都含有保守基序1和2,大部分谷子TCP基因不含内含子;谷子TCP基因启动子区域含有激素应答元件、干旱应答元件、低温应答元件和光应答元件等;谷子TCP基因在不同组织中的表达模式具有特异性,具有相同表达模式的基因聚类在一起。【结论】该研究初步明确了谷子TCP转录因子的分类、进化关系、结构特点以及组织表达模式。本研究为进一步研究谷子TCP转录因子的系统发育以及生物学功能提供了基础,同时也为培育优良谷子种质资源提供科学依据。

基金项目:
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