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卵形鲳鲹基因组调研及其SSR标记的开发应用
作者: 张永德  文露婷  罗洪林  林 勇  杜雪松  余艳玲  韦孜娜  黄 姻  
单位: 广西壮族自治区水产科学研究院  
关键词: 卵形鲳鲹  基因组  微卫星  标记开发  多态性  
分类号:
摘要:

【目的】开展卵形鲳鲹全基因组测序并获得其大量的微卫星标记,通过下一代测序技术(NGS)获得卵形鲳鲹的基因组结构信息及微卫星序列。【方法】采用Illumina高通量测序技术对卵形鲳鲹基因组进行了调研,从调研数据中挖掘并分析了SSR分布特征,筛选其多态性SSR位点,并对卵形鲳鲹养殖群体进行了遗传多态性分析。【结果】卵形鲳鲹基因组大小为642.68 Mb,杂合率为0.31%,重复序列比例为30.19%,GC含量为41.45%,提示卵形鲳鲹基因组为简单基因组。基因组初步组装结果显示,contig总长度为627.23 Mb,N50和N90分别为8.21 Mb、1.71 Mb;Scalffold总长度为628.19 Mb,N50和N90分别为10.19 Mb、2.04 Mb。从基因组调研数据中共检测出190121个SSR序列,SSR分布密度为295.8条/Mb。在这些SSR序列中,二核苷酸重复数量最多,占总SSR序列的60.78%,二核苷酸重复序列以TG/AC重复数量最多,占二核苷酸总重复序列的44.75%。从合成的50对SSR引物中筛选获得29对多态性SSR引物,采用这29对SSR引物对卵形鲳鲹群体进行遗传多态性分析,29个位点共检测到98个等位基因,平均Ne为2.6690,平均He为0.5965,平均PIC为0.5195,说明该群体的遗传多态性较丰富。【结论】卵形鲳鲹基因组为简单基因组,利用基因组调研数据可以实现SSR标记大规模开发,新开发的SSR分子标记可用于卵形鲳鲹群体遗传多态性分析,所检测群体的遗传多态性较丰富。

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