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陆川猪ANKRD1基因克隆及其表达差异分析
作者: 潘鹏丞  谢炳坤  
单位:
关键词: 陆川猪  背最长肌  ANKRD1基因  克隆  生物信息学  组织表达谱  
分类号:
摘要:

摘要:【目的】本实验以反转录得到的陆川猪背最长肌的cDNA为模板克隆出心肌锚蛋白重复域1(ANKRD1)基因,并对该基因生物信息学分析和差异表达分析。【方法】用Trizol法提取陆川猪背最长肌的RNA,普通反转录为cDNA后用PCR技术扩增,之后构建载体、转化、PCR验证和测序处理,用生物信息学分析法对正确的测序结果进行分析,最后用实时荧光定量PCR检测ANKRD1基因在陆川和杜洛克猪背最长肌的表达量。【结果】克隆得到陆川猪ANKRD1基因CDS区全长有960bp,与NCBI上野猪的ANKRD1基因(NM_213922.1)的CDS区存在4处碱基突变,但均为同义突变;该基因编码319个氨基酸,与NCBI上公布的野猪(NM_213922.1)、绵羊(NM_001252178.1)、牛(NM_001034378.2)、人类(NM_013220.1)、灰仓鼠(NM_001246706.1)、褐家鼠(NM_013220.1)、小家鼠(NM_013468.3)的ANKRDI基因所编码的氨基酸的同源性依次为99.6%、92.8%、92.5%、90.8%、86.6%、86.4%、86.1%;其二级结构中α螺旋占46.39%、无规则卷曲占39.81%、β转角占9.09%、延伸链占4.70%。陆川猪ANKRD1基因不存在跨膜结构,也没有信号肽,有多个磷酸化位点,结果显示虽然有一个糖基化位点,但由于这个蛋白质没有信号肽,是不可能被暴露的N -糖基化机制,因此在体内可能不会被糖基化。ANKRD1基因在陆川猪的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪这七个组织里差异表达,且在背最长肌的表达量远超过皮下脂肪,差异显著(P<0.05)。【结论】ANKRD1基因在背最长肌的表达量显著高于皮下脂肪,该基因可能对猪背最长肌的形成发育有一定影响。

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