【目的】对甘薯块根内生固氮菌进行分子鉴定和多样性分析，并分析其菌群结构，为深入研究甘薯内生固氮菌的应用提供理论参考。【方法】以鄂薯11和鄂薯17为试验材料，采用无氮培养基筛选获得2个甘薯品种块根的内生固氮菌，根据16S rDNA基因序列分析对分离的内生固氮菌进行分类鉴定；进一步扩增nifH基因片段验证固氮菌；依据Shannon多样性指数、菌株相对分离率和相似性指数对甘薯块根内生固氮菌的菌群分布及多样性进行分析，并比较内生固氮菌菌群差异。【结果】从鄂薯11和鄂薯17块根中总共分离得到80株内生固氮菌，归属为1门1纲1目1科2属，包括普里斯特氏菌属（Priestia）和芽孢杆菌属（Bacillus），相对分离率分别为51.25%和48.75%；普里斯特氏菌属在鄂薯11和鄂薯17块根的相对分离率分别为51.11%和51.43%，芽孢杆菌属在鄂薯11和鄂薯17块根的相对分离率分别为48.89%和48.57%，2个甘薯品种块根中内生固氮菌的相对分离率变化差异小。2个甘薯品种块根内生固氮菌总Shannon指数为0.6929，总均匀度指数为0.4803。鄂薯11和鄂薯17间的相似性指数为1，2个甘薯品种块根中的内生固氮菌属相同。系统发育进化树显示，从鄂薯11和鄂薯17中分离得到的内生固氮菌遗传多样性较低。【结论】从鄂薯11和鄂薯17块根中分离鉴定出80株内生固氮菌，归属于普里斯特氏菌属和芽孢杆菌属，2个品种间的内生固氮菌菌群构成无明显差异。