【目的】分析武夷名丛叶绿体基因组序列特征及系统发育进化关系，为加强武夷名丛种质鉴定及其资源多样性的开发利用提供参考依据。【方法】利用PacBio和Illumina高通量测序技术对5个武夷名丛品种（白鸡冠、半天妖、肉桂、水金龟和铁罗汉）叶绿体基因组进行测序、组装和注释，并结合已发表的大红袍叶绿体基因组序列进行叶绿体全基因组序列比较及系统发育进化分析。【结果】6个武夷名丛品种的叶绿体基因组的长度为157024~157126 bp，均由环状双链DNA组成，包含2个反向重复区（IR）（25944~26095 bp）、1个大单拷贝区（LSC）（86594~86859 bp）和1个小单拷贝区（SSC）（18276~18291 bp），共注释到92个蛋白编码基因、37个tRNA和8个rRNA，鉴定得到1276个简单重复序列（SSRs）、65个长重复序列和93个插入缺失突变。6个武夷名丛品种的叶绿体基因组表现出高度相似的密码子偏好性，筛选出高频密码子（RSCU>1）个数均为30个，其中，以A和U结尾的密码子数量最多，且对UUA偏好性最强。在基于叶绿体基因组构建的系统发育进化树中，并非所有的茶亚属和山茶亚属的品种均分别聚为一支，且6个武夷名丛品种也并未聚为一支，其中大红袍和肉桂与龙井43的分支较近，半天妖与安化茶聚为一支，水金龟与铁观音聚为一支，白鸡冠和铁罗汉分别聚成单个分支。【结论】武夷名丛叶绿体基因组大小和结构及密码子偏好相似，但具一定的多样性，叶绿体基因组可作为超级条码用于武夷名丛品种鉴别和群体遗传研究。