【目的】鉴定辣椒DUF966基因家族成员，并分析其表达模式，为揭示该家族基因对辣椒生长发育和逆境响应的调控机制及辣椒抗逆育种提供理论参考。【方法】从Pfam数据库下载DUF966（PF06136）的隐马尔可夫模型种子序列，并以拟南芥和水稻DUF966家族蛋白序列作为参考序列，从辣椒基因组中鉴定出DUF966家族成员，利用生物信息学方法对其基因结构、保守基序、蛋白质特征、启动子顺式作用元件及miRNA和DUF966基因家族间的靶向关系进行系统分析，并利用转录组数据分析辣椒DUF966基因家族成员在不同组织生长发育及不同激素和胁迫处理下的表达模式。【结果】共鉴定到7个辣椒DUF966基因家族成员，将其命名为CaDUF966-1~CaDUF966-7。将辣椒DUF966基因家族成员分为3个亚群，其中，CaDUF996-2和CaDUF996-7属于I亚群，CaDUF996-3和CaDUF996-5属于II亚群，
CaDUF996-1、CaDUF996-4和CaDUF996-6属于III亚群。7个CaDUF966s基因分布在1、2、6、11和12号染色体上。7个CaDUF966s基因含有2~5个内含子，外显子数为3~6个。所有CaDUF966s均为亲水的不稳定蛋白，亚细胞定位于细胞核内，共含有20个Motif（Motif 1~Motif 20），同一亚群CaDUF966s蛋白含有的Motif越相似。除CaDUF966-3蛋白外，其余6个CaDUF966s蛋白的二级结构和三维结构相似，均以无规则卷曲所占比例较大（36.31%~51.80%），以β-转角所占比例较小（8.56%~10.71%）。基于非同义替换率/同义替换率的比值（Ka/Ks）分析发现，DUF966基因家族成员在辣椒品种间和茄科物种间高度保守，同源基因对的Ka/Ks均小于1.000，表明其在进化过程中经历了强烈的纯化选择压力。7个CaDUF966s基因启动子区域共含有17个生物和非生物胁迫相关顺式作用元件、7个生长发育相关顺式作用元件及10个植物激素反应相关顺式作用元件。7个CaDUF966s基因具有明显的组织和时空特异性，说明CaDUF966s基因参与辣椒的生长发育和胁迫响应。9个miRNA通过切割作用靶向CaDUF966-3和CaDUF966-6基因，5个miRNA靶向CaDUF966-6基因，4个miRNA靶向CaDUF966-3基因。【结论】7个辣椒DUF966基因家族成员在不同组织生长发育过程及响应生物和非生物胁迫过程中具有调控作用。