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基于叶绿体DNA序列atpI-rsp2和psbC-trnS 的山药种质资源遗传多样性分析
作者: 张静珍1  2  张文英2  雷 剑1  柴沙沙1  靳晓杰1  王 崇1  2  杨园园1  

程贤亮1  杨新笋1*  王连军1*


  
单位: (1湖北省农业科学院粮食作物研究所湖北省甘薯工程技术研究中心/粮食作物种质创新与遗传改良湖北省重点实验室   武汉 430064;2长江大学农学院  湖北荆州 434025)  
关键词:
分类号:
出版年,卷(期):页码:2022 ,53 ( 1 ): 页码:125-133
摘要:

【目的】基于叶绿体DNA(cpDNA)序列atpI-rsp2和psbC-trnS分析山药种质资源的遗传多样性,为山药种质资源鉴定、创新利用及新品种选育提供理论依据。【方法】以来自14个省(区)的64份山药种质为材料,对其atpI-rsp2和psbC-trnS序列进行多态性扩增并测序,经拼接、比对后,利用MEGA 7.0计算种质间的遗传距离并构建系统发育进化树,并利用DNAsp 5.0分析核苷酸多态性,采用NET Framework 4.6.1绘制单倍型间的中介邻接网络结构。【结果】atpI-rsp2和psbC-trnS序列合并序列长度为1938 bp,共有117个插入/缺失位点(IS)和14个变异位点(Vs),转换率(Si)为49.1%,总体转换/颠换偏倚率(R)为0.928,共产生30种单倍型,其中有21种为独享单倍型,9种为共享单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(p)分别为0.9206和0.00139。atpI-rsp2序列和psbC-trnS序列及合并序列的Tajima’s D、Fu and Li’s D*和F*均为负值,其差异均未达显著水平(P>0.10),说明这2个序列在进化上符合中性进化模式。64份山药种质的遗传距离为0~0.003865,平均遗传距离均为0.001400。中介邻接网络结构分析结果显示,30种单倍型可分为3类,其中,H5为较原始单倍型。【结论】64份山药种质资源的遗传距离较近,遗传背景相似,可能是由于长期地区间引种导致,与地理距离不完全相关。atpI-rsp2和psbC-trnS序列可用于山药物种鉴定和系统进化分析等研究领域。

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