【目的】基于环境DNA（eDNA）分析进口凡纳滨对虾携带水传播和运输虾肝肠胞虫（EHP）的风险性，为环境水中疫病监测和风险评估提供参考依据。【方法】取60批进口亲虾携带水用0.45 μm硝酸纤维素膜过滤并提取eDNA，挑取10个携带水样滤膜eDNA用于凡纳滨对虾物种特异性鉴定，采用实时荧光定量PCR对所有携带水样滤膜进行EHP检测；同时以EHP阳性进口亲虾携带水开展人工感染试验，感染10 d后分别取养殖水样及虾体进行EHP检测；对进口亲虾携带水EHP阳性滤膜进行宏基因组测序分析，采用Krona对物种注释结果进行可视化展示，并将宏基因组测序分析结果与NCBI已公布的EHP氨基酸序列进行BLAST比对分析。【结果】进口亲虾携带水检测结果显示，成功从10个携带水滤膜eDNA扩增出凡纳滨对虾347 bp的特异目的片段，与原始序列片段的相似性达100%；在60批进口亲虾携带水样品中有2批携带水呈EHP阳性。EHP阳性进口亲虾携带水能成功感染虾苗组，且在虾苗肝胰腺组织分离获得成熟的EHP孢子，但亲虾组的虾体EHP检测呈阴性。宏基因组测序得到EHP的物种相对丰度值占真核动物物种的0.7%；与NCBI已公布的EHP氨基酸序列进行BLAST比对，结果获得213个同源EHP氨基酸序列；从进口亲虾携带水样品中分离鉴定获得的EHP与已报道物种黄道蟹肠孢虫（Enterospora canceri）和毕氏肠胞虫（Enterocytozoon bieneusi）的亲缘关系较近，对应的氨基酸序列相似性为别为83%和81%。【结论】进口凡纳滨对虾亲虾携带水具有传播EHP的可能性，即仅针对亲虾虾体进行EHP检测具有不完全性。eDNA检测可用来补充传统的虾体疫病监测方法，作为水环境疫病检测和风险评估的重要手段。