【目的】动态评价广西农业生态经济系统运行效率和可持续发展状况，为广西农业可持续发展提供对策建议。【方法】运用能值分析理论和方法，从能值投入、能值产出、系统评价三大方面建立33个指标，深入研究2000—2019年广西农业生态经济系统能值投入、产出情况和运行状况，并对农业绿色GDP进行核算；同时将广西的研究结果与全国平均水平、贵州、云南进行比较。【结果】2000—2019年广西农业生态经济系统总投入能值和总产出能值分别增加9.54%和44.61%，辅助能值投入不足制约了农业资源开发利用效率。农业处于自然资源高度依赖型和劳动密集型的传统发展阶段，特色优势产业不突出。尽管系统处于可持续发展状态，但不够稳定，尤其是2015年以来，可持续性指数下降38.85%，表明系统仍面临较大的环境压力。人均能值用量和能值密度偏低制约了农民生活水平和农业经济发展。农业绿色GDP占比较低，且从2000年的60.13%逐渐下降至2019年的47.73%。广西农业生态经济系统的可持续性指数高于全国平均水平和贵州，但低于云南；农业绿色GDP占比高于全国，但低于贵州和云南。【建议】提升农业劳动力素质、增加农业机械和科技投入，发展生态循环农业；优化能值投入结构，提升农业资源开发利用效率，维持农业生态经济系统可持续发展状态；充分利用森林和海洋资源，打造特色休闲农业、森林生态旅游和海洋农牧场，实现农业生态产品价值。