【目的】鉴定云南茶树种质资源，分析其儿茶素和嘌呤生物碱的多样性，筛选出高儿茶素指数（Catechin index，CI）、高苦茶碱等特异茶树种质资源，为茶树品种选育和特异产品开发提供科学依据。【方法】通过高效液相色谱（HPLC）检测云南66份代表性茶树种质的儿茶素［没食子儿茶素（GC）、表没食子儿茶素（EGC）、儿茶素（C）、表儿茶素（EC）、表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）、没食子儿茶素没食子酸酯（GCG）、表儿茶素没食子酸酯（ECG）］和嘌呤生物碱（咖啡碱、可可碱和苦茶碱）等主要品质和功能性成分；利用统计软件分析其遗传多样性（香农多样性指数，H'），并对其进行主成分分析和聚类分析；最后筛选出高CI、高苦茶碱的种质。【结果】66份云南茶树种质的GC、EGC、C、EC、EGCG、GCG、ECG、咖啡碱和可可碱等成分存在丰富的遗传多样性和变异性，其中，H'除EC、ECG外均大于1.80，EGCG的H'最高（2.06）；C（66.07%）具有最大的变异系数，可可碱的变异系数（15.68%）最小。通过主成分分析，发现前5个主成分的累计方差贡献率达83.37%，包含所有性状的大部分信息。基于14个生化成分，可以将66份茶树种质分为4个类群，不同类群在CI、可可碱、咖啡碱、儿茶素总量等主要指标有明显差异。综合分析结果，筛选到13份CI>0.60的茶树种质，其中有4份大于0.90（2份大于1.00）；另外，还鉴定到4份（其中有3份还具有低咖啡碱性状）高苦茶碱茶树种质。【结论】云南省茶树资源的儿茶素和嘌呤生物碱多样性丰富，变异系数大，具有丰富的遗传多样性；筛选到高CI、高苦茶碱、低咖啡碱等特异种质17份。