【目的】利用系统药理学构建黄白双花口服液治疗犊牛腹泻的活性化合物—靶点—通路—疾病相关蛋白的关系网络模型，阐述黄白双花口服液治疗犊牛腹泻的分子机制，为犊牛腹泻防治药物研发提供理论依据。【方法】根据口服利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18，利用中药系统药理学数据库（TCMSP）检索黄白双花口服液中每味中药（黄连、白头翁、金银花、黄芩、地榆和乌梅）的活性化合物及与其相对应的作用靶点，导入Cytoscape绘图软件中建立活性化合物与其对应靶点的互作网络图；通过基因数据库（Gene Cards）检索犊牛腹泻的有关靶点基因，使用维恩图求取二者的交集，得到犊牛腹泻与黄白双花口服液共同的靶点基因组合，然后导入String数据库中以获得相关蛋白相互作用网络图；将黄白双花口服液作用于犊牛腹泻的靶点基因导入DAVID数据库中，分别进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。【结果】从黄白双花口服液中筛选出43种活性化合物，分别对应131个相关靶点基因。黄白双花口服液与犊牛腹泻交集的蛋白质—蛋白质相互作用网络图包括128个节点及205条相互关系，其中丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、白介素2（IL-2）、白介素6（IL-6）、白介素8（IL-8）、促分裂素原活化蛋白激酶1（MAPK1）及含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白酶3（CASP3）的出现频率较高。利用DAVID数据库对黄白双花口服液与犊牛腹泻交集靶点的蛋白进行GO功能富集分析，最终富集到204条GO功能条目（FDR<10-2），其中细胞组成条目8条、分子功能条目12条、生物过程条目184条；黄白双花口服液治疗犊牛腹泻的相关蛋白主要富集于19条信号通路上（FDR<10-2）。【结论】黄白双花口服液主要以黄连、白头翁、金银花、黄芩、地榆和乌梅中的槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇及山奈酚等活性化合物成分，通过ATK1、MAPK1、IL-2、IL-6和IL-8等靶点，经Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、T细胞受体信号通路和B细胞受体信号通路等，发挥抗菌消炎、抑制细胞损伤及调节免疫力等作用，以达到治疗犊牛腹泻的目的。