【目的】对广西德保县和隆林县野生古茶树及其他省份名优栽培种茶树进行聚类分析，为野生古茶树种质资源保护、良种选育及创新利用提供理论参考。【方法】利用筛选出的15对SSR引物对9份广西德保县和隆林县的野生古茶树种质和15份名优栽培种茶树种质进行聚类分析，并计算遗传相似系数。【结果】筛选出的15对引物从德保04和德保05未扩增出任何条带，但从其余22份茶树样品中共扩增出183条谱带，其中CS1引物扩增出多态性谱带最多，为19条，最少为CS13引物，仅7条，平均每对引物扩增出多态谱带12.26条，多态率为96.17%。22份茶树种质资源可聚为两大类群，其中德保县和隆林县的野生古茶树聚在Ⅰ类群，栽培种茶树聚在Ⅱ类群。根据遗传相似系数，也可获得上述相同的分类结果。茶树品种间的遗传相似系数为0.48~0.84，平均遗传相似系数为0.67，其中，野生古茶树种质资源间的遗传相似系数为0.68~0.84；栽培种茶树间的遗传相似系数为0.62~0.84；野生古茶树与栽培种茶树的遗传相似系数为0.48~0.77。仅德保06与其他野生古茶树（隆林42和德保01）遗传相似系数小于0.70；栽培种茶树与野生古茶树相比，仅黄观音与野生古茶树（德保01和德保G02）遗传相似系数大于0.70。【结论】广西德保县和隆林县的野生古茶树种质起源相近，与我国其他各省份的名优栽培种茶树亲缘关系较远，存在相远近亲和相近远亲共存现象，进一步证实广西德保县野生古茶树为五柱茶系的厚轴茶，推测桂西北山区广泛分布山茶属原始种系。