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___________小菜蛾性信息素结合蛋白与顺-9-十四碳烯酸酯作用的分子模拟 |
作者: 赵 奇1 邓培渊2 李玉华1 杨玉珍1 杨宗渠1 雷志华1 |
单位: (1郑州师范学院 生命科学学院 郑州 450044;2郑州师范学院 郑州市生物物种资源研究重点实验室 郑州 450044) |
关键词: 小菜蛾 性信息素结合蛋白(PxylPBP2) 性信息素 分子动力学模拟 能量分解 |
分类号: |
出版年,卷(期):页码:2018 ,49 ( 11 ): 页码:2193-2197 |
摘要: |
【目的】研究小菜蛾性信息结合蛋白(PxylPBP2)与顺-9-十四碳烯酸酯(Z9-14∶Ac)结合的分子动力学模式、结合内驱力及关键作用氨基酸,阐明二者识别的分子机制,为小菜蛾性诱剂的研发和小菜蛾防治提供参考依据。【方法】运用YASARA对PxylPBP2进行同源建模,运用AutoDock 4.2进行PxylPBP2与Z9-14∶Ac的空间结构对接,运用YASARA平台进行分子动力学模拟,运用MMPBSA.py模块计算PxylPBP2-Z9-14∶Ac复合物的结合自由能,以Amber 12软件包描述结合关键氨基酸,分析PxylPBP2与Z9-14∶Ac的结合模式及相互作用力。【结果】同源建模构建了合理的PxylPBP2空间模型,分子对接结果表明Z9-14∶Ac结合于PxylPBP2结合腔的内部,受体配体间无氢键,1.4 ns时对接复合物收敛平衡;PxylPBP2-Z9-14∶Ac结合自由能为-9.76 kcal/mol;Phe22和Ile104的贡献能量和占总结合自由能的43%。【结论】范德瓦斯力和非极性溶剂力是PxylPBP2与Z9-14∶Ac形成稳定复合物的主要内驱力,能量贡献最大的两个关键氨基酸(Phe22和Ile104)位于侧链上。 |
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