【目的】研究薄荷种质资源的遗传多样性及亲缘关系，为薄荷地方种质资源的收集、保护及材料创新提供参考。【方法】结合SRAP和ISSR标记对48份不同来源薄荷种质材料的DNA进行多态性扩增，并根据扩增图谱进行遗传多样性及聚类分析。【结果】利用筛选的20对SRAP和ISSR引物从48份薄荷种质材料分别扩增出187和183条条带，多态性比率分别为97.33%和97.27%。48份薄荷种质材料的平均Nei’s遗传多样性指数（H'）为0.1672，平均Shannon’s信息指数（I）为0.2762，说明供试薄荷种质材料的遗传多样性较丰富。聚类分析结果显示，48份薄荷种质材料可分为五大类，其中I类又可分为5个亚类，该聚类结果主要由品种差异决定，受地域影响较小；在遗传相似系数为0.76处可将33份贵州薄荷资源分为四大类。不同来源的薄荷群体遗传多样性排序为引进群体>贵州群体>重庆群体>云南群体，贵州群体与引进群体遗传距离最大，与云南群体和重庆群体遗传距离较小，说明贵州群体、云南群体和重庆群体亲缘关系较近。【结论】SRAP和ISSR标记对薄荷种质材料的多态性检出率较高。薄荷属种间具有丰富的遗传多样性，但种内遗传变异较小。贵州薄荷种质材料的遗传基础较引进材料狭窄，与云南和重庆的薄荷种质材料遗传背景较近。