【目的】克隆橡胶树乳管细胞短链异戊烯基合酶（GPPS）基因，分析其表达特性和编码蛋白的相互作用，为解析该类基因在天然橡胶和萜类合成中的作用提供理论参考。【方法】采用逆转录PCR（RT-PCR）和cDNA末端快速克隆（RACE）从橡胶树乳管细胞胶乳中克隆GPPS基因（HbGPPS1和HbGPPS2），利用生物信息学分析其编码蛋白的特性；采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测HbGPPS1和HbGPPS2在树皮和胶乳中的组织表达特异性、在不同橡胶树品系中的表达模式及其对割胶和外源茉莉酸甲酯（MeJA）处理的响应模式，并在原核细胞中进行表达分析；通过酵母双杂交技术检测HbGPPS1和HbGPPS2蛋白的相互作用关系。【结果】从橡胶树乳管细胞乳胶中克隆获得HbGPPS1和HbGPPS2基因，其中HbGPPS1基因编码框长度为1248 bp，编码415个氨基酸，蛋白分子量为45.9 kD，理论等电点为6.77；HbGPPS2基因编码框长度为1239 bp，编码412个氨基酸，蛋白分子量为45.6 kD，理论等电点为6.77。二者的核苷酸序列相似性为89%，且编码蛋白均含有2个典型的异戊烯基转移酶活性结构域DDXXD（D），定位于叶绿体和线粒体。HbGPPS1蛋白自身及其与HbGPPS2蛋白均能形成较弱相互作用的二聚体。qRT-PCR检测结果显示，HbGPPS1和HbGPPS2基因在胶乳中的表达量高于树皮，但均以HbGPPS2基因表达量较高，表明二者表达存在组织特异性。经MeJA处理后橡胶树胶乳中HbGPPS1和HbGPPS2基因表达量较对照高，即外源MeJA可促进内源茉莉酸的合成，激活乳管细胞内的茉莉酸信号从而上调HbGPPS1和HbGPPS2基因表达。在5个橡胶树栽培品系中，HbGPPS2基因的表达量均明显高于HbGPPS1基因，且与PR107、热研7-20-59、RRIM600和热研7-33-97干胶含量趋势一致，但二者仅在热研8-79和热研7-33-97的表达模式存在差异。HbGPPS2基因能在大肠杆菌中成功表达。【结论】HbGPPS2基因可能是乳管细胞中参与天然橡胶和萜类合成的主效基因，而HbGPPS1基因可能是功能冗余基因。HbGPPS2和HbGPPS1基因在不同橡胶树品系中的表达模式与各品系干胶含量呈正相关，可用作为干胶含量评估的筛选标记。