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河八王分蘖基因NpD53克隆及其生物信息学分析
作者: 刘昔辉 张荣华 桂意云 张小秋 韦金菊 周会 区惠平 刘新龙  
单位: 广西甘蔗遗传改良重点实验室/农业部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室/中国农业科学院甘蔗研究中心/广西农业科学院甘蔗研究所云南省甘蔗遗传改良重点实验室  
关键词: 河八王   NpD53基因   克隆   序列分析   RACE  
分类号:
出版年,卷(期):页码:2017 ,48 ( 9 ): 页码:1554-1559
摘要:

目的】克隆河八王[Narenga porphyrocoma(Hance)Bor]分蘖基因NpD53,并分析其序列特征,为甘蔗野生种分蘖的分子机理研究提供理论参考。【方法】以河八王为试验材料,提取其叶片总RNA,反转录获得cDNA,通过RACE(cDNA末端快增)技术扩增NpD53基因,并采用生物信息学方法对其核苷酸序列及编码蛋白的氨基酸序列进行分析。【结果】NpD53基因(Gen Bank登录号MF593461)的中间序列长度760 bp、5’端序列长度1497 bp、3’端序列长度1233 bp,拼接后其cDNA序列全长为2597 bp,包含1个2037 bp的开放阅读框(ORF),编码678个氨基酸,蛋白分子量75.02 k D,等电点6.59,亲水性平均数-0.506,表明其为亲水性蛋白,位于细胞核内(可信度94.1%)。NpD53基因编码蛋白(NpD53)存在P-loop_NTPase和Clp B_D2-small超家族核心序列,含有4个非特异性位点,与其他物种的D53蛋白均具有相同的保守结构域Clp B_D2-small;其二级结构仅有4种卷曲类型,以无规则卷曲最多,占42.

基金项目:
国家自然科学基金项目(31101195); 云南甘蔗遗传改良重点实验室项目(2015DG015-03); 广西“八桂学者”和特聘专家专项项目([2013]3号); 广西农业科学院科技发展基金项目(桂农科2016JM07);
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